让R使用更新版本的java
这个问题与另一个问题有关 。
我试图使用RNetLogo与R并获得以下错误。
nl.path <- "/Applications/NetLogo 5.1.0" NLStart(nl.path) Error in .jnew("nlcon/Preprocess") : java.lang.UnsupportedClassVersionError: nlcon/Preprocess : Unsupported major.minor version 51.0 根据我在其他问题中的理解，问题是R使用的旧版Java与RNetLogo不兼容。
我安装了Java 8.0希望解决这个问题，但我的理解是，尽管我的计算机上安装了Java 8.0（Mac OS Maverick），但R并没有拿起它并继续尝试使用旧版本的Java。
所以我的问题是：如何让R使用Java 8.0而不是任何旧版本？
在终端控制台中，我明白了
java -version : java version "1.6.0_65" Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_65-b14-462-11M4609) Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.65-b04-462, mixed mode)
在此先感谢您的帮助，
在Mac OS X上，您可以同时拥有多个Java。
在终端上使用以下命令检查您拥有多少JDK版本。
/ usr / libexec / java_home -V
您可以按照以下说明进行正确的Java Path设置：
如何在Mac OS X上设置$ JAVA_HOME环境变量
简而言之：
export JAVA_HOME = $（/ usr / libexec / java_home -v 1.8）
不幸的是，这些似乎都没有在Mac上提供帮助。 Windows和Linux解决方案不相关，因为文件位于不同的位置。
如果您只是按照Java首选项痛苦的提示以标准方式更新到Java 1.8（Java 8 for Oracle），那么您只需获得Java运行时环境（JRE）。 如果你跑……
/ usr / libexec / java_home -V
…它仍然只显示java 1.6，…
export JAVA_HOME = $（/ usr / libexec / java_home -v 1.8）
…抛出一个错误，说它无法找到1.8版本。
为了让Mac甚至能够识别更新版本的Java，您似乎必须安装JDK v.8（而不是JRE）。 此时，您可以让Mac识别出新的Java虚拟机可用，并且您可以成功执行导出命令。 （请注意，新的1.8 JVM位于不同的位置 – / Library / Java而不是/ System / Library / Java for 1.6。）。 但是，这对R来说仍然没有好处。
我已经尝试将导出JAVA_HOME …命令放入我的.profile和我的.bash_profile。 然后采购两者。 工作正常，但对R AFAICT没有影响。 我通过标准的Mac R GUI，从RStudio和终端启动了R，它只识别Java 1.6。 所以RNetLogo仍然不起作用。
我将尝试在存档中找到RNetLogo 1.0-0并进行测试。 如果它工作，我建议回滚1.0-1直到解决这个Java问题。
我在windows上使用这一行：
options(java.home="C:/Program Files/Java/jre7/")
您可能需要更改7为8并在mac上找到正确的路径。
这应该是有效的（最初来自这篇博客文章 ）：
1）下载并安装Apple的Java版本1.6。
2）使用sudo R CMD javareconf -n重新配置Java安装。
3）使用以下rJava从源代码重新安装rJava ： install.packages('rJava', type='source') 。
请在conjugateprior.org上感谢Will Lowe的原始post和解决方案。
尝试将libjvm.dylib链接到/ usr / lib：
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/lib
添加-f标志以强制覆盖现有文件/链接
编辑：我不知道是否有人仍在努力解决这个问题，但是对于rJava 0.9-9，下面的“部分修复”不再适用。 什么工作，完全是这里提供的最终解决方案： https ： //github.com/su/rJava/issues/86
从那里复制，非常感谢Gregory R. Warnes：
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通过在终端中运行以下命令来卸载现有的rJava版本：
Rscript -e 'remove.packages("rJava")' sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")' -
将以下内容添加到
/Users/：/.bashrc export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre'
（例如，在终端中输入> vim /Users/ ，然后在’i’，添加上面的行，然后’：wq’保存并退出）
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关闭并重新启动所有Terminal，R和RStudio窗口
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在终端窗口中键入以下内容：
sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib -
在新的R会话中，从源代码重新安装rJava：
install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")
旧的’PARTIAL FIX’如下：
好的。 我整个上午一直在研究这个问题，我有一个部分修复。
我尝试了上面的Guilherme Kenji Chihaya建议的解决方案，但即使在sudo R CMD javareconf -n和install.packages('rJava', type='source') ，R坚持使用Java 1.6（并且很乐意这样做） 。
但是，在重新安装rJava之后，R studio会抛出一个错误：
library（rJava）错误：.onLoad在loadNamespace（）中为’rJava’失败，详细信息：call：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，…）错误：无法加载共享对象’/ Library / Frameworks / R .framework / Versions / 3.2 / Resources / library / rJava / libs / rJava.so’：dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so,6）：库未加载：@ rpath / libjvm.dylib引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so原因：未找到映像错误：包或命名空间加载失败’rJava’
谷歌搜索引导我到这篇文章： http ： //andrewgoldstone.com/blog/2015/02/03/rjava/ ，带有一个有效的解决方案。 在终端中设置以下内容：
alias r="DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_11.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/: open -ar"
并从终端启动R. 然后，神奇地，在R：
> library(rJava) > .jinit() > .jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version") [1] "1.8.0_11-b12"
但是，这仅在从终端启动R时有效。 我无法让R以任何方式自动识别正确的“DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH”。
在Ubuntu中有一个命令alternatives ，我将它用于此目的。
alternatives --install /usr/bin/java java /usr/java/jdk1.8*/jre/bin/java 200000 alternatives --install /usr/bin/javaws javaws /usr/java/jdk1.8*/jre/bin/javaws 200000 alternatives --install /usr/bin/javac javac /usr/java/jdk1.8*/bin/javac 200000 alternatives --install /usr/bin/jar jar /usr/java/jdk1.8*/bin/jar 200000
替代安装后，使用以下命令更改您的版本。 alternatives --config java然后选择你的新java。
如果这不可用，您应该首先找出新Java的实际位置。 locate *jdk1.8*然后找出你以二进制forms运行的java。 which java会返回二进制的路径。 这是旧的java二进制文件，所以删除它并在同一个地方链接新的java二进制文件。 例如： ln -s /path/to/java1.8*/bin/java /usr/bin/java
此外，您还需要更新VM所需的CLASS_PATH环境变量。
例如： export CLASS_PATH=/usr/java/jdk1.8*/jre/lib ，您可以在bashrc文件中添加此行来注册此配置。
在基于Debian的安装中，R使用/etc/R/Makeconf设置来构建库。 其中一个设置是JAVA_HOME 。 尝试在那里设置正确的路径并重新安装包。