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如何组织Java程序的源文件？

我用Java创建了一个小程序。 它使用Java类，一些图像并生成一些其他资源（ .php文件，图像，样式表等）。 我正在将源代码编译为.jar并创建一个.exe程序，它应该使用我的.jar和其他资源。 组织Java程序的所有源代码的最佳实践是什么？

Eclipse Java项目文件夹组织

我是从C＃/ Visual Studio背景来到Java和Eclipse。 在后者中，我通常会组织一个这样的解决方案： \ MyProjects下\ MyApp的\ MyAppsUtilities \ LowerLevelStuff MyApp将包含一个用于构建.exe的项目，MyAppsUtilities将生成一个由.exe调用的程序集DLL，而LowerLevelStuff可能会构建一个包含更高级实用程序DLL使用的类的程序集。 在Eclipse（Ganymede，但可以说服切换到Galileo）我有： \ MyProjects下\工作空间\ MyApp的 当我创建我的初始项目时。 有一个选项可以将源文件和构建文件放在同一个文件夹中，但是我在一个反映我的包层次结构的路径上创建了.java文件： \ MyProjects下\工作区\ MyApp的\ SRC \ COM \ myCompany的\ MYAPP \ MyApp.java 我的问题是：当我为.jar文件创建子项目（是正确的Java / Eclipse术语吗？）时，类似于.NET中的上述MyAppsUtilities和LowerLevelStuff程序集DLL，可以（应该）我等效地组织文件夹吗？ 例如： \ MyProjects下\工作空间\ MyApp的\ SRC \ COM \ myCompany中\ MYAPP \ myapputilities \ MyAppsUtilities.java 组织这些东西的标准/正确方法是什么，它是如何在IDE中专门完成的？