图数据库（neo4j）与关系数据库。 需要设计方面的帮助
我必须使用开源项目（ biojava ），但我对某些性能不满意，并且我想花一些时间来改进它。
例如，我有一个以这种方式编码的文本数据库：
chrX Cufflinks exon 65175856 65175971 . . . gene_id "XLOC_002576"; transcript_id "TCONS_00004217"; exon_number "1"; gene_name "RP6-159A1.2"; oId "CUFF.3698.1"; nearest_ref "ENST00000456392"; class_code "p"; tss_id "TSS3873"; chrX Cufflinks exon 128986006 128986088 . . . gene_id "XLOC_002577"; transcript_id "TCONS_00004218"; exon_number "1"; oId "CUFF.3750.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3874"; 并非每个字段都是必需的，每个gene_id可以与多个transcript_id （1..n）相关联，并且每个transcript_id具有1个或更多个exon 。
库行为是将整个文本文件加载到ArrayList ，对于每个搜索，必须迭代列表。 这适用于小型列表，但在我的情况下，我有10 ^ 10个具有非常大的列表的查询，并且在一台好的计算机中需要几天时间。
Neo4j会是个不错的选择吗？ 实施它的好方法是什么？ 例如，创建一个只有String的实体并在它们之间建立关系是不是很糟糕？ 或者将Hsqldb与单个表一起使用会更好吗？
请注意我不需要持久性，但速度和同步是强制性的。
编辑：如果你愿意，你可以在这里查看项目。
如果速度很关键，因为您的数据模式看起来“简单”，您可以执行“手动”解决方案。 如果开发时间比“绝对速度”更重要，那么内存中的RDBMS是一个不错的选择。 如果不需要持久性，我会避免使用neo4j，因为它更专为持久性而设计，你的数据似乎更“关系”，然后是“复杂的图形”
如果速度至关重要而且你不采用像Hsqldb这样的解决方案，那么我们的想法是填充3种对象（基因，转录本，外显子），并使用散列图来索引它们。
当您想要在干草堆中找到针时，Neo4J运行良好，即当您有大型数据集时，但是当您运行查询时，您只对查询少量数据感兴趣。 例如，如果您有一个图形：
(gene) -> (transcript) -> (exon)
然后Neo4J擅长运行查询，例如“从基因XLOC_002576开始，给我所有的成绩单，并给我所有其他与这些成绩单相关的基因”。 （我不知道什么是成绩单和外显子，所以查询可能没有意义，但你明白了）。
如果您不是在大海捞针中寻找针，而是为每个查询处理整个数据集，那么Neo4J不太可能成为工作的工具。 如果数据集非常庞大（如数百GB），那么您将整个数据集缩减为一个小答案，并且您不介意将处理分布在多台计算机上，那么可能使用hadoop map减少并上传大文本文件到HDFS可能是一个选项。
如果您提供有关查询配置文件的更多信息，则有助于提供更好的答案。 即你对数据做了什么？ “搜索”是什么意思？