Java中的HDF5：可用API之间有什么区别？

我刚刚发现了HDF5格式，我正在考虑用它来存储分布在Java应用服务器集群上的3D数据。 我发现有几种可用于Java的实现，并想知道它们之间的差异：

• Java HD5接口（JHI5）来自HDF组本身的Java包装器。

• JHDF5（适用于Java的HDF5）

• 多年冻土

• Nujan：纯Java NetCDF4和HDF5编写器 （无法读取HDF5）

最重要的是，我想知道：

• 涵盖了多少本机API，本机A​​PI中不存在的任何限制？

• 如果支持“Parallel HDF5”？

• 加载3D数据后，每次访问3Darrays中的一个元素时，是否会获得“本机调用开销”？ 也就是说，数据实际上是变成了Java对象，还是留在“native / JNI memory”中？

• 是否知道特定实现的稳定性问题，因为本机代码崩溃通常会导致整个JVM崩溃？

Answer 1

HDF Java遵循分层方法：

• JHI5 – 低级JNI包装器：非常灵活，但使用起来也相当繁琐。

• Java HDF对象包 – 基于JHI5的高级接口。

• HDFView – 基于Java HDF对象包的基于Java的查看器应用程序。

JHDF5在JHI5层上提供了一个高级接口，它为Java提供了HDF5的大部分function。 API具有浅薄的学习曲线，并隐藏了开发人员的大部分内务工作。 您可以在作为JHDF5一部分的JHI5接口上运行Java HDF对象包（和HDFView），因此这两个API可以在一个Java程序中共存。

Permafrost和Nujan在这一点上似乎还远未完成，而且Permafrost最近没有看到很多活动，因此它们似乎不是此时的首选。

我认为一个好的途径是看看Java HDF5对象包和JHDF5，确定哪两个API更适合您的需求并与之相配。

免责声明：我曾经使用过JHDF5接口，所以我可能会有偏见。