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Mac OS X Yosemite中的NetLogo R扩展安装错误

我在安装NetLogo的R扩展时遇到问题。 我正在使用NetLogo 5.05和扩展版本1.3,它应该适用于R 3.0或更高版本。 我的R版本是3.1.2。 按照本页的说明,我更改了NetLogo应用程序中的.plist文件,使其指向jri和我的R安装: NSJavaRoot .. LSEnvironment JRI_HOME /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/rJava/jri R_HOME /Library/Frameworks/R.framework/Resources 将extensions [r]添加到我的代码选项卡会导致错误: R-Extension中的错误:runOnce中的错误:java.lang.NullPointerException 开发者页面说NetLogo 5的版本仍然是测试版,但如果我使用r 2.15和NetLogo及扩展的早期版本尝试它,我会遇到同样的问题。 我估计我所遵循的指示是针对Mountain Lion的,但我想知道这是不是问题。 谁设法让Yosemite的扩展工作?

在h2o中加载大于内存大小的数据

我正在尝试加载大于h2o内存大小的数据。 H2o 博客提到: A note on Bigger Data and GC: We do a user-mode swap-to-disk when the Java heap gets too full, ie, you’re using more Big Data than physical DRAM. We won’t die with a GC death-spiral, but we will degrade to out-of-core speeds. We’ll go as fast as the disk will allow. I’ve […]

从JAVA调用R以获得卡方统计和p值

我在JAVA中有两个4 * 4矩阵,其中一个矩阵保存观察计数和其他预期计数。 我需要一种自动的方法来计算这两个矩阵之间的卡方统计量的p值; 但是,就我所知,JAVA没有这样的function。 我可以通过将两个矩阵读成R作为.csv文件格式来计算卡方和它的p值,然后使用chisq.test函数,如下所示: obs<-read.csv("obs.csv") exp<-read.csv("exp.csv") chisq.test(obs,exp) 其中.csv文件的格式如下: A, C, G, T A, 197.136, 124.32, 63.492, 59.052 C, 124.32, 78.4, 40.04, 37.24 G, 63.492, 40.04, 20.449, 19.019 T, 59.052, 37.24, 19.019, 17.689 给定这些命令,R将给出格式的输出: X-squared = 20.6236, df = 9, p-value = 0.01443 其中包括我正在寻找的p值。 有谁知道自动化过程的有效方法: 1)将我的矩阵从JAVA输出到.csv文件中2)将.csv文件上传到R 3)将.csv文件上的chisq.test调用到R中4)将输出的p值返回到JAVA? 谢谢你的帮助….

在Windows上设置Java R接口(JRI)

我已经关注了网络上的指南并查看了有关stackoverflow的问题,但我仍然无法在Windows上设置JRI。 以下是我采取的步骤: 1)安装R. 2)在R中执行install.packages(“rJava”)以安装rJava 3)创建一个值为C:\Program Files\R\R-3.1.2的R_HOME系统变量 4)将以下内容添加到我的PATH变量: C:\Program Files\R\R-3.1.2\bin\x64;C:\Users\USERNAME\Documents\R\win-library\3.1\rJava\jri\x64 5)在IntelliJ中添加了JRI.jar(位于C:\Users\USERNAME\Documents\R\win-library\3.1\rJava\jri )作为依赖项 6)将IntelliJ中的VM选项设置为-Djava.library.path=C:\Users\USERNAME\Documents\R\win-library\3.1\rJava\jri\x64 7)启动R并执行library(“rJava”) 8)运行我的程序来测试是否所有设置 收到以下错误: # # A fatal error has been detected by the Java Runtime Environment: # # EXCEPTION_ACCESS_VIOLATION (0xc0000005) at pc=0x000000006c726096, pid=5860, tid=6932 # # JRE version: Java(TM) SE Runtime Environment (8.0_31-b13) (build 1.8.0_31-b13) # Java VM: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM […]

使用eclipse进行单人项目的版本控制?

我目前正在自己​​开展几个项目(至少开发部分只由我完成:)。 将Eclipse与不同的Java,R,SQL和其他源文件一起使用我想知道什么版本的控制系统最适合我。 当时Eclipse IDE的历史似乎已经足够了,但我不确定这是否会在一个月/一年内成立…… 你会推荐什么解决方案?为什么? 更确切地说:如果我决定使用完整版控制系统,我肯定会使用SVN或git。 但我不确定是否有必要…… small update: has the release of Eclipse Helios added new opinions?

使用Eclipse和Rserve从Java调用R的简单程序

我的应用程序必须执行R操作,例如: m = matrix(sample(0:1,100, rep=T),ncol=10) 结果应该可供Java应用程序使用。 Rserve包将R桥接到其他语言,因为它充当TCP / IP服务器。 我已经阅读了网站,但不知道如何制作可以使用Rserve的最简单的应用程序。 制作一个使用Rserve从Java执行R命令的简单Eclipse应用程序需要哪些步骤?

R,加载rJava错误

我在macOS sierra(10.12.5)上运行R(版本3.4.0),我正在尝试使用需要使用rJava库的xlsx库。 当我尝试在R控制台中使用library(rJava)加载rJava时library(rJava)如果在RStudio或终端中没有区别),我收到以下错误消息,我无法理解: Fehler: package or namespace load failed for ‘rJava’: .onLoad in loadNamespace() für ‘rJava’ fehlgeschlagen, Details: Aufruf: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, …) Fehler: kann shared object ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so’ nicht laden: dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so Reason: image not found 谷歌搜索问题我发现一些post有些相似(但每次都略有不同的问题), 这个SO问题是最有希望的。 由于提议的步骤需要适应我的情况,而且我是一个新手,我无法实现它们。 我能做什么? 附加信息: shell命令java -version返回: java version “1.8.0_131” Java(TM) […]

RSelenium UnknownError – 使用谷歌浏览器的java.lang.IllegalStateException

我正在运行基于RSelenium Basics CRAN页面的以下脚本: library(RSelenium) startServer(args = c(“-port 4455”), log = FALSE, invisible = FALSE) remDr <- remoteDriver(browserName = "chrome") remDr$open() 这会产生以下错误: Exception in thread “main” java.net.BindException: Selenium is already running on port 4444. Or some other service is. at org.openqa.selenium.server.SeleniumServer.start(SeleniumServer.java:492) at org.openqa.selenium.server.SeleniumServer.boot(SeleniumServer.java:305) at org.openqa.selenium.server.SeleniumServer.main(SeleniumServer.java:245) at org.openqa.grid.selenium.GridLauncher.main(GridLauncher.java:64) 根据GitHub上这个对话的评论,我修改了我的startServer()命令,如下所示: startServer(args = c(“-port 4455”), log = FALSE, invisible […]

加载rJava时出错

当我想加载rJava时出错。 JDK已安装。 (我在CentOS VM上运行R(cloudera demo vm cdh3u4)) > library(rJava) Error : .onLoad failed in loadNamespace() for ‘rJava’, details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, …) error: unable to load shared object ‘/home/cloudera/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/2.15/rJava/libs/rJava.so’: libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory Error: package/namespace load failed for ‘rJava’ LD_LIBRARY_PATH设置有问题吗? 如果是,我该如何解决? 我需要运行rJava来安装rhdfs。 更多信息(如果需要): [cloudera@localhost ~]$ java […]

如何在OSX上配置rJava以选择正确的JVM – .jinit()失败

我通过调用install.packages(“rJava”)来安装rJava – 没有遇到任何问题 但是当我打电话时: library(rJava) .jinit() 我明白了: JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at “” instead. JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library. Error in .jinit() : JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1 我正在运行OSX: Darwin MBP-2 14.5.0 Darwin Kernel Version 14.5.0: Tue Sep 1 21:23:09 PDT 2015; root:xnu-2782.50.1~1/RELEASE_X86_64 […]